自从1965年星马和平分家,成为两个独立的国家,大会基于政治,地理和行政等三大因素,实有必要分设成两个大会。大会自第一百廿七届年议会(1971年)至第一百廿九 届年议会(1973年),历经三届年议会热烈讨论後,在第一百卅届年议会中(1974年3月18日在新加坡禧年堂举行),通过於1975年1月1日,正式分为星马两个长老大会。当时出席年议会的议员共五十八位,举手赞成的有四十四位。该年议会也通过以下三项提案:
(一)财务的安排。在马来西亚国界内,所有产业入息及买卖利润,全归马来西亚长老大会;在新加坡国界内,所有产业入息及买卖利润,则归新加坡长老大会。现有马新有关银行及金融存款、现款,於1974年12月31日一切收支债务清理後,由财产委员会酌情分酌两大会。
(二)为维持两大会之联系,发展共同事工,并促进彼此间之合作,两大会成立联会。联会由两大会会正,书记,财政及二位常委组成(一位教牧,一位长老)。联会主席和文书由 两大会会正和书记共同担任,联会每年至少开会一次,联会设财务,海宣,法规,英语及文字五组,各组由两大会各派四人组成之。
(三)三一神学院董事:除两大会会正外,为各派两位担任。新加坡神学院董事则由两大会各派一位担任。基督教星马长老大会自1881年设教以来,93年的联合历史於1974年12月31日划上休止符。