起源1881年
基督教马来西亚 长老会的历史可追溯自十九世纪。
基督教马来西亚长老会的历史可追溯自十九世纪。当时已有不少中国南部省份的华人远渡重洋来到新加坡谋生，其中有许多来自讲潮语的汕头和讲福建话的厦门。1872年，在新加坡英国伦敦宣教协会 (London Missionary Society) 宣教士和当时在布连拾街 (Princep Street) 的侨生堂(即今日的磐石堂前身) 的呼吁下，也配合在汕头和夏门西教士的认同，最後获得英国长老会的响应，派遣首任宣教士阁约翰牧师 (Rev.J.A.B.Cook) 到新加坡。阁牧师於1881年11月16日抵达新加坡，从此欣开了本大会的宣教历史。
1886年
1886年5月24日，阁约翰牧师北上到马来亚半岛南端的柔佛州新山设教。初期由於缺乏牧者，他只得邀请一位售卖圣经的弟兄协助主持。这位弟兄是由杜菲斯牧师 (Rev.Duffus)为他施洗。在此设教初期，承蒙在新加坡的伦敦宣教协会公理宗宣教士基斯柏理牧师(Rev.B.Keasberry)的女婿拿督明里南(Dato James Meldrum)的大力协助，向当时柔佛州苏丹亚布峇加殿下(Sultan Abu Bakar)请准下，赐赠三英畝地。此地段即今日圣光堂之所在地。阁牧师担任摄理牧师，万贵伯先生为首任传道。第一间长老教会因此而诞生，开设火锯厂的拿督明里南也提供了建堂所需的所有木料。
1892年
1892年1月，阁约翰牧师委派黄岳霖(若时)先生前往麻坡，并租下沙香街和二马路交界的角头店屋，作为主日崇拜之用途，廖天益牧师协助之。阁牧师也於同年请准柔佛苏丹亚布峇加殿下拨地供建教堂及学校之用。并获赠惹兰沙礼(Jalan Salleh)地段(即今日活水堂之所在地)和建筑费。逐於翌年(1893)年三月四日动工兴建，十二月落成。阁牧师担任摄理牧师，廖天益牧师受聘为首任教牧(1928年3月14日於该堂按立为牧师)，并取名为星马基督教长老会麻坡惹兰沙礼礼拜堂。
1901年
1901年1月17日，阁约翰牧师假其府上(No1.Gilstead Road)召开第一次会议，出席者包括来自中国的郑聘廷牧师，英国长老会宣教士阁约翰牧师，池约翰牧师(Rev.John Steal)和五位长老(陈光辉，李琼，黄才进，李娘生，林呢绸)，议决通过成立大会，命名为“实叻坡长老大会”，并规定每年春季和秋季(上半年和下半 年)召开大会。
1924年
1901年至此1930年，大会相继在马来亚南部设立教会包括峇株救恩堂(1921年)，永生宣道所(1922年)，永平堂(1923年)，居銮佳音堂(1926年)，麻坡三一堂(1926年)，士乃宣道所(1926年)。这期间，英长老会也派遣威廉牧师(Rev.W.Murray)及安礼逊牧师(Rev.Andersom)前来协助，後者只事奉一年(1925年至1926年)。大会有鉴於柔佛州多处设教，後改名为“星柔长老教会”。
1931年
1931年11月4日，大会在星加坡布连拾街侨生堂举行设教五十周年，大会成立卅周年感恩会，并出版“南洋中华基督教长老大会”纪念特刊，由当时大会书记庄济清先生担任主编。同年，英国伦敦宣教协会调派在潮汕嶺东大会服务了廿年的汲多马牧师(Rev.T.C.Gibson)前来服务大会，安礼逊牧师也於同年由英长老会再次受派加入大会事奉。
1931年至1941年，大会先後设教於哥打丁宜(1931年真道堂)，丰盛港(1931年丰盛港宣道所)，笨珍（1933年乐恩堂）， 巴罗（1933年仁爱堂）， 峇吉里（1933年峇吉里宣道所）， 巴冬（1936年巴冬堂）， 哥打峇鲁（1938年吉兰丹长老会）， 登加楼（1941年登加楼长老会）， 占美（1941年占美宣道所）。
1941年
1941年18 月8日太平洋战争爆发，日军南侵马来亚和新加坡，在沦陷期间，所有在新马的西差会宣教士均被囚禁在新加坡漳宜监狱，其中有不少是宗派的领袖，包括长老宗的魏道伯牧师(Rev. Robert Greer)和汲多马牧师，新马卫理公会安伯和会督(Bishop Hobart B. Amstutz)和新马圣工会威廉逊主教（Bishop Leonard Wilson）等三大宗派领袖， 他们在一起灵修、祷告，認罪和感谢， 在圣灵的光照下， 彼此内心里孕育着促进宗派教会合一的理念，他们更在上帝面前许下诺言， 若蒙上帝保守生命，能平安离开监狱，就要同心合办一所综合性的神学院，以负起造就本地人才和促进教会合一的使命，这意念促进了1948年10月4日新加坡三 一神学院(Trinity Theologial College)的成立， 地点位於新加坡智慧山七号（7,Mount Sophia），卫理公会会督安伯和博士担任首任院长， 新马长老会，卫理公会和圣公会也成为该院的创办和合伙的宗派。
日军统治期间的三年零八个月，大会也遭受了惨重的人力损失，就马来亚方面来说，蔴坡三一堂的郑文炳， 郑明月和罗文渔长老等均被杀害。1944年1月14日， 来自中国的郑聘廷牧师息劳主怀，享壽七十三岁。。
1945年
1945年8月20日日军投降， 战后百业待兴， 1947年郭景云牧师提倡自立运动，以四年推动“培植人才，储款任才”两项计划， 并呼吁众教会積极响应，为落实此计划， 大会以每畝二百廿元买下笨珍二百一十八英畝的椰园， 聘请黄金泉长老为经理，许洁成先生和陈锦榜长老协助，椰园成为大会经济命脉，由於往后缺乏经济之故，此椰园先后被分割出售，1975年仅剩一百一十六英 畝。
1948年
大会於1948年加入中华基督教会（中国）全国总会，成为其组织的一个成员。翌年，由於共产党接管中国，大会改名为“中华基督教星马大会”。1942年至1950年， 大会相继在马来亚东海岸的龙运（1950年），哇加峇汝（1946年），话望生（1948年）和甘马挽（1950年）设立教会。1951年， 大会在吉兰丹与登加楼的教会成立北马区会。
1949年
1949年，中国共产党取得政权，建立中华人民共和国，在宗教政策上，实行重重限制。其中一项便是中外国宣教士在大陆继续从事宣教工作。宣教士被迫调往东南亚各地，撤退和调派到马来亚的英国长老会和公理会宣教士有胡德牧师，亨约翰牧师，蓝启文牧师，欧阳德牧师，文达道牧师，戴琪牧师，伊利约牧师，Swanson牧师，黎节姑娘，路禧娟姑娘，段恩华姑娘，宋姑娘，于力爱姑娘，爱姑娘，司姑娘，柳姑娘。与此同时，大会也与台湾基督长老教会有密切的联系，并获得该会差派陈复生牧师，陈效赞牧师，陈祥康牧师，邱以正牧师先後莅临本大会事奉。陈祥康牧师在担任大会青年干事期间(六十年代)，出版了青年团契手册，编写团歌。在他大力推行青年工作之下，各堂所也纷纷成立青年团契。
1951年
世界第二次大战 结束後不久，马来西亚对马共的扰乱，先是反英殖民政策，後有意成立人民共和国，英国殖民地政府为消灭马共份子，华人被迫集中居住，造成新村的成立。大会也 开始重视新村的宣教，先後在柔佛州几个华人新村开设教会，其中包括彼咯(1951年)，古来(1952年)，拉央拉央(1952年)，龙引(1953 年)，加亨(1954年)，亚依淡(1954年)，四湾岛(1960年)。
1960年
1960年，大会推行五年倍增运动(简称五运倍增)，叶谷虚牧师担任主席，胡德牧师为干事，并聘请台湾吕春长牧师巡回培灵布道。不少城市教会就在这时期建立起来，其中有 槟城长老会圣安得烈堂(1962年)，吉隆坡原道堂(1963年)，巴生长老会(1963年)，怡保长老会圣安得烈堂(1965年)，马六甲长老会(1968年)，大马堂(1969年)等。
1961年
1961年6月10日，大会在新加坡伯特利堂召开第117届年议会，并举行设教八十周年，成立大会六十周年感恩会。
1962年
1962年4月11日，南马区会成立(1972年改称为南部区会)，第一届会正为蔡蔚峰牧师。自该年起，大会由三个区会组成：新加坡区会，北马区会，南马区会。
1964年
为配合马来西亚的成立，大会於1964年易名为“中华基督教会马来西亚大会”，1966年大会加入世界归正宗联盟大会(World Alliance of Reformed Churches简称WARC)，成为该组织第一百零一会员。1965年新加坡脱离马来西亚，成为一个独立自主的国家，大会因此於1968年再易名为“基督教星马长老大会”。第一本中文“法规”(Constitution)於该年出版，使大会属下众教会能在行政，组织和信仰上有所依循(英文版“法规”十年後出版(1978年)，由慕乐真牧师翻译，蓝启文牧师校对。为促进大会属下各堂所会友对大会的认识和产生归属感，大会自1972年开始订每年11月第一主 日为长老大会主日，通过讲台信息，提升会友对大会的历史、体制，信仰和神学的了解和认同。
1965年
自从1965年星马和平分家，成为两个独立的国家，大会基于政治，地理和行政等三大因素，实有必要分设成两个大会。大会自第一百廿七届年议会(1971年)至第一百廿九 届年议会(1973年)，历经三届年议会热烈讨论後，在第一百卅届年议会中(1974年3月18日在新加坡禧年堂举行)，通过於1975年1月1日，正式分为星马两个长老大会。当时出席年议会的议员共五十八位，举手赞成的有四十四位。该年议会也通过以下三项提案：
（一）财务的安排。在马来西亚国界内，所有产业入息及买卖利润，全归马来西亚长老大会；在新加坡国界内，所有产业入息及买卖利润，则归新加坡长老大会。现有马新有关银行及金融存款、现款，於1974年12月31日一切收支债务清理後，由财产委员会酌情分酌两大会。
（二）为维持两大会之联系，发展共同事工，并促进彼此间之合作，两大会成立联会。联会由两大会会正，书记，财政及二位常委组成(一位教牧，一位长老)。联会主席和文书由 两大会会正和书记共同担任，联会每年至少开会一次，联会设财务，海宣，法规，英语及文字五组，各组由两大会各派四人组成之。
（三）三一神学院董事：除两大会会正外，为各派两位担任。新加坡神学院董事则由两大会各派一位担任。基督教星马长老大会自1881年设教以来，93年的联合历史於1974年12月31日划上休止符。
1971年
大会成立属下第三个区会–西部区会，康士敦牧师担任第一届会正。
1975年
1975年1月1日，大会正式分为“基督教马来西亚长老大会”和“基督教新加坡长老大会”。1975年1月27日，马来西亚长老大会於吉隆坡圣安德烈堂举行隆重的成立仪式和首届年议会。之前在选举首届会正时虽有些风波。最终谦谋牧师获选担任首届大会会正，并邀得郑广德长老为大会法律顾问。
1976年
1976年 大会成立教牧福利基金，藉抚恤金，恩俸金，养老金，以关心在职的教牧，并照顾尽程的同工，过去分家前三万元神学基金，半数连本带利一万八千四百五十三元二角总和教牧基金，於1977年由新加坡长老大会交还大会。新马大会分家後，经济为其中一项首要处理的事项。大会财政林瑞芝长老及其委员任重道远，为大会各项产业费心费神。在大会成立後的第三年(1977年)，为求一劳永逸巩固大会的经济，做了两项深具影响的决策：第一项把大会在笨珍的椰园改种油棕，并徵得王福盛先生为产业干事，处理各项产业发展。王先生毕业纽西兰农业硕士。第二项乃发动筹募五十万发展基金。
1978年
大会在彭亨州关丹设教，成为第一间直属教会—荣恩堂。
1980年
大会脱售部分椰园。
1981年
1981年6月，大会聘请周书源牧师担任策划干事，李明安牧师为妇女事工干事，并租用柔佛州峇株的一间双层排屋楼上为办事处(23-2A,Jln Soga)，大会第一次有固定的办事处。
1982年
1982年，大会因投资设教及筹款购买会所，发动爱大会运动，或称爱大会捐，征求每名会友每年奉献拾零吉，大会於马星花园开设荣光宣道所，委派三一神学院毕业生林国泰传道前往设教。大会也於同年实行教牧养老金制度。由教牧福利组推动，全体全职教牧务必参加的教牧退休基金会。
新加坡长老会伯特利堂林春棋长老贤伉俪热爱新马长老大会，於1982年把吗赛九英畝果园赠送新马两大会与新加坡，学园传道会，作为圣工发展用途。
1983年
1983年，大会在峇株Taman Bukit Pasir购买了两座三层楼的店屋(11,12 Jalan Hijau)，时价为马币六十四万，成为大会第一间本身的办事处，重要的文件和档案也得以妥当的保存。
1984年
1984年4月15日，大会位于波德申的别墅举行奉献感恩礼。当日除本宗教牧和各区代表外，新加坡长老大会会正，台湾基督长老教会三位牧师(汤孟宗牧师，洪伯宗牧师，吴 和隆牧师)也参与盛典。此别墅承蒙香港中华基督教会乐捐港币廿万元，伦敦世界传道会(Council for World Mission)捐献二万英磅，新加坡佳音合唱团莅临峇株救恩堂献唱筹获九千馀元，全部装修扩建费共马币卅八万零吉。大会於同年在新邦令金开设荣美堂，聘请施德清牧师(当时为传道)前往牧会。大会也於同年实行重新注册要求属下众教会登记为会员。
同年11月11 日，大会假峇株救恩堂举行成立十周年庆典暨第十届年议会。当时大会属下堂所共五十二间(廿八间堂会，廿四间宣道所)，会友约五千名，这也是大会自1975年星马分设为两个大会後的第一次统计。在庆典中也分发金牌和银牌于服务大会廿年或十年以上的同工。会後席开廿二桌，款待来宾。在迈向廿一世纪的未来，大会订下二千年宏愿：百间教会，万名会友，让众教会向这目标努力。
1985年
1985年，大会策划干事周书源牧师尽程荣休，大会同年11月聘请郑瑞联先生为产业干事。
1986年
大会设立“百事美” (Presbycorp)和“素维高”(Suveco)两间商业公司。大会也于该年在新邦令金设立第三间直属教会–荣美堂。
1988年
1988年，大会成立七人小组 (王连辉牧师，萧晋强长老，黄锦寿牧师，苏立忠牧师，林玉星长老，林瑞芝长老，郭志清长老) ，探讨大会未来的宣教方针和组织行政架构，彼等的讨论拟成一份建议书於翌年呈交大会常委研究。大会於同年十一月十四日至十八日委派杨俊良牧师，黄锦寿牧师，李锡鸿长老，王连国长老前往东马古晋和亚庇勘查设教事宜。此举促成大会於1998年四月在沙巴山打根开设第一间长老教会，地点於Taman Indah 的一间双层排屋，由张秀銮姐妹义务协助 (此教会自2001年由马六甲长老会领养和接管) ，北部区会於同年按立张秀凤为大会首位女牧师。
